A Mata Atlântica cobria originalmente 1.315.460 km² em 17 estados brasileiros, avançando por trechos da Argentina e Paraguai. É uma das regiões do mundo com maiores índices de biodiversidade, apresentando alto grau de endemismos. Foi declarada Patrimônio da Humanidade pela Unesco e Patrimônio Nacional pelo governo brasileiro, sendo protegida por extensa legislação, incluindo o tombamento em alguns estados. Não obstante, é uma das florestas mais ameaçadas do planeta.
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Ela se localiza na faixa mais populosa do Brasil, sofrendo pressão intensa, está extremamente fragmentada e pelo menos 510 de suas espécies estão ameaçadas de extinção. Centenas de outras podem ser extintas regionalmente, pela caça e pesca predatórias, poluição, degradação de habitats, conversão da terra à agricultura e outros fatores. Existem muitas reservas protegidas, mas boa parte delas não tem fiscalização suficiente, ou são pequenos fragmentos sobreviventes em áreas muito modificadas e densamente urbanizadas, e não possuem corredores ecológicos para intercomunicação, oferecendo baixas condições de preservação adequada de suas espécies, especialmente as mais vulneráveis.
O monitoramento das perdas foi iniciado em 1985, e desde lá foram desmatados quase dois milhões de hectares. O estado de São Paulo possui os maiores trechos remanescentes, concentrados em regiões de difícil acesso da Serra do Mar; provavelmente foi o que os salvou de uma destruição generalizada. Hoje só restam 8,5% da Mata Atlântica original em áreas acima de 100 ha. Contando-se fragmentos menores, a área total chega a 12,5%.
Depois de registrar uma tendência de queda entre 2008 e 2010, a Mata Atlântica voltou a apresentar um índice ascendente de desmatamento entre 2011 e 2012, perdendo-se 23.548 hectares, praticamente tudo em Minas Gerais, onde a madeira é usada para alimentar os fornos da siderurgia. O estado é campeão no desmatamento da Mata há quatro anos, e foi denunciado junto ao Ministério Público para averiguações, descobrindo-se irregularidades. Empresas privadas também foram indiciadas. Os dados são da ONG SOS Mata Atlântica e do Inpe.
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